1949年之後歷經政治運動，竺可楨還保留著自由主義思想。1956年，他在懷仁堂聽了陸定一作《百花齊放，百家爭鳴》報告後，曾與一位黨內老幹部說：「我看蔡元培主持北大時，學術自由比現在還自由一些，那時他提倡科學自由，因此既讓李大釗自由發表他的意見」，「可是我們現在並不讓胡適、胡風這類人進行自由爭論。」（中國科學院院史資料室《討論陸定一同志「百花齊放，百家爭鳴」的報告》）
1957年夏，很多正直的知識分子被「引蛇出洞」，積極響應上級的號召，向黨提出批評建議，隨即被秋後算賬，打成「右派」，受到政治迫害。竺可楨積極響應反右，但有底線，只批判觀點，不搞人身攻擊。
9月23日，在中科院各黨派反右大會上，他作了長達15分鐘、題爲《誰說黨不能領導科學？》的批判發言，開篇就說：「右派分子所提出的『今不如昔』、『外行不能領導內行』、『黨不能領導科學』等等謬論，經過近三個月來各方面的辯論和批駁，已經徹底破產了」 ，最後才點名右派分子袁翰青、楊肇燫。
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