20世紀30年代，國民黨鼓吹「一個黨、一個主義、一個領袖」，以黨派勢力滲透大學，加強學生思想控制。
竺可楨接任浙江大學校長前就對此有異議。1936年3月16日下午，教育部長王世傑來訪，竺可楨提出接任浙大校長後「辦學方針是否採英美之Academic Freedom（按：學術自由）或法西蒂（按：今譯法西斯）獨斷行爲」的尖銳問題，希望得到官方「標準答案」。王世傑是法國巴黎大學博士，曾任北京大學教授、武漢大學首任校長，作出判斷不難，只是此時身份不同，選擇迴避問題，對此「亦未能有明白之表示」。
他接任浙大校長後，更是反對國民黨強制要求教師入黨、學生入團，主張師生埋頭學問、不加入任何黨派。強調「對學校應能自治，以維護大學之尊嚴」；「學生應有讀書的自由，探求真理的自由。只有讓學生兼收幷蓄，接受的知識面廣，才能培養出全面的人才，沒有民主自由，也就求不到真理，培養不出真正的人才。」
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